Journal of Fish Biology · 2023 · mis en ligne le 9 novembre 2022
Redundancy analysis, genome-wide association studies and the pigmentation of brown trout (Salmo trutta L.)
À partir de 75 684 SNP, l’étude combine analyse de redondance et études d’association pangénomique pour explorer les bases moléculaires de la pigmentation de truites communes sauvages influencées par des poissons d’élevage. Elle identifie 337 loci indépendants associés aux motifs de coloration, répartis sur 35 des 40 groupes de liaison.
- La question
- Quelles bases génétiques expliquent la variation de pigmentation de la truite commune ?
- L’approche
- Génotypage de 75 684 SNP, analyse de redondance (RDA) et études d’association pangénomique à un et plusieurs caractères, comme le nombre de points rouges et noirs sur les flancs.
- Ce que l’article apporte
- 337 loci de motifs de coloration, répartis sur 35 des 40 groupes de liaison, ce qui indique une architecture polygénique ; ils sont associés à 218 gènes candidats, dont des gènes connus de la pigmentation (PMEL, SLC45A2, SOX10).
- Les limites
- Des loci associés et des gènes candidats, sans démonstration fonctionnelle ; l’analyse de redondance s’avère aussi utile pour suivre la pigmentation au fil des générations d’introgression d’élevage.
Figures de l’article
Les figures de cet article ne sont pas reproduites ici ; elles sont consultables dans l’article publié.
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