Application
Biodiversité & Conservation
Comprendre les populations et éclairer les actions de conservation grâce aux outils génomiques.
ADN environnemental · Génomique · Bioinformatique
De l’ADN aux décisions
Biodiversité, aquaculture, agriculture : nous concevons l’étude, analysons vos échantillons et vous aidons à interpréter les résultats.
+15 ans
d’expérience scientifique
Deep Tech
label attribué par Bpifrance
Toute la chaîne
du prélèvement à l’aide à la décision
Station Ifremer
une équipe implantée à Palavas-les-Flots
Vos terrains d’application
Une même science. Tout un monde d’applications.
Explorez votre environnement.
Comprendre pour agir
De l’échantillon à la décision.
Un échantillon contient bien plus que de l’ADN. Il porte une information sur les espèces, les populations et les écosystèmes. Notre rôle : vous aider à la comprendre et à l’utiliser.
LDgenX accompagne les acteurs publics et privés sur toute la chaîne scientifique. Nous associons biologie moléculaire, séquençage et bioinformatique autour d’une même question : la vôtre.
- Conception scientifique. Votre question définit le point de départ. Ensemble, nous précisons les objectifs et les approches à mobiliser. Appui bibliographique, définition des objectifs et des indicateurs.
- Stratégie d’échantillonnage. L’information commence sur le terrain. Le choix des matrices et la stratégie de prélèvement sont pensés pour votre problématique. Eau, sol, sédiments ou biofilms. Pompe triple, stick pump et torpille tractée pour la filtration sur le terrain.
- Analyses moléculaires. La biologie moléculaire fait le lien entre vos échantillons et les données. De l’extraction d’acides nucléiques sur matrices complexes à la préparation de banques de séquençage.
- Séquençage & dPCR. Amplicons, génomes ou détection ciblée : les technologies sont choisies en fonction des objectifs scientifiques. Longs fragments (Nanopore) et courts fragments (Illumina, AVITI), séquençage ciblé et microsatellites (qPCR, Sanger, KASP), PCR digitale.
- Bioinformatique. Les données sont traitées et analysées au moyen d’approches bioinformatiques adaptées à votre question biologique. Bioinformatique et biostatistique : métabarcoding, métagénomique, RADseq, RNAseq, WGS, épigénétique, GWAS.
- Interprétation. Nous replaçons les analyses dans leur contexte biologique pour vous accompagner dans la compréhension des résultats. Interprétation et valorisation des résultats dans un rapport expert.
- Aide à la décision. La connaissance scientifique devient une information exploitable pour vos projets de gestion, de conservation ou d’innovation. Des résultats actionnables pour la prise de décision.
Nos expertises
Comprendre le vivant, à toutes ses échelles.
Des expertises complémentaires, mobilisées selon votre question scientifique et les spécificités de votre projet.
Également : Tests ADN ciblés · Recherche & Développement · Matériel d’échantillonnage
Toutes nos expertises
Expertise
ADN environnemental
Détecter et suivre les espèces d’un milieu à partir des traces d’ADN présentes dans l’environnement.
Approches
Découvrir l’expertise
La génomique en pratique
Des questions concrètes. Des approches scientifiques.
ADN environnemental · Étude de cas
Lire la biodiversité des ports et des estuaires.
Une étude de l’ichtyofaune pour l’Agence de l’eau Artois-Picardie.
- Commanditaire
- Agence de l’eau Artois-Picardie
- Réalisation
- Groupement Qualyse, LDgenX et Prelevmar
Lire la biodiversité des ports et des estuaires.
Une étude de l’ichtyofaune pour l’Agence de l’eau Artois-Picardie. Commanditaire : Agence de l’eau Artois-Picardie. Réalisation : Groupement Qualyse, LDgenX et Prelevmar.
La question posée
Comment améliorer la connaissance de l’ichtyofaune et comparer l’ADNe aux méthodes classiques d’acquisition de données ?
Les huit sites échantillonnés
- Dunkerque Est (Port, Nord)
- Dunkerque Ouest (Port, Nord)
- Calais (Port, Pas-de-Calais)
- Slack (Estuaire, Pas-de-Calais)
- Boulogne (Port, Pas-de-Calais)
- Baie de la Canche (Baie, Pas-de-Calais)
- Baie de l’Authie (Baie, Pas-de-Calais et Somme)
- Estuaire de la Somme (Estuaire, Somme)
L’approche
- Prélever : Fin novembre et début décembre 2025, trois réplicats d’eau filtrés simultanément sur 15 stations, réparties sur huit ports et estuaires.
- Analyser : Deux marqueurs génétiques, Teleo pour les poissons osseux et Elas02 pour les élasmobranches : 23 et 13 taxons identifiés.
- Comparer : Dans l’estuaire de la Somme, l’ADNe retrouve les quatre espèces structurantes du suivi au chalut à perche (hareng, merlan, gobie tacheté, bar) et détecte des espèces non capturées.
Contraintes du milieu soulignées par la publication
- Courants : Les courants déplacent l’eau, et avec elle les traces d’ADN qu’elle contient.
- Turbidité : Abondantes dans les estuaires, les particules en suspension troublent l’eau.
- Marées : La marée fait varier le niveau et le mélange des eaux au fil de la journée.
Ce que l’étude apporte
Des richesses médianes proches entre ports et estuaires, sauf pour la Slack, mais une répartition des espèces différente ; des assemblages cohérents avec les guildes écologiques attendues. L’étude nourrit la réflexion sur l’ADNe pour la surveillance des milieux aquatiques.
Parlons de votre projet
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