Secteur · Bassin de Mardyck
12 espèces
- Prélèvement
- 25 novembre 2025
- Mode
- Navire support
- Salinité (PSU)
- 32
- Turbidité (NTU)
- —
- Volume moyen filtré (L)
- 13,7
ADN environnemental
Lire la biodiversité des ports et des estuaires.
Une étude de l’ichtyofaune pour l’Agence de l’eau Artois-Picardie.
L’étude, le long de la côte
ADN environnemental · Étude de cas
Lire la biodiversité des ports et des estuaires.
Une étude de l’ichtyofaune pour l’Agence de l’eau Artois-Picardie.
- Commanditaire
- Agence de l’eau Artois-Picardie
- Réalisation
- Groupement Qualyse, LDgenX et Prelevmar
Lire la biodiversité des ports et des estuaires.
Une étude de l’ichtyofaune pour l’Agence de l’eau Artois-Picardie. Commanditaire : Agence de l’eau Artois-Picardie. Réalisation : Groupement Qualyse, LDgenX et Prelevmar.
La question posée
Comment améliorer la connaissance de l’ichtyofaune et comparer l’ADNe aux méthodes classiques d’acquisition de données ?
Les huit sites échantillonnés
- Dunkerque Est (Port, Nord)
- Dunkerque Ouest (Port, Nord)
- Calais (Port, Pas-de-Calais)
- Slack (Estuaire, Pas-de-Calais)
- Boulogne (Port, Pas-de-Calais)
- Baie de la Canche (Baie, Pas-de-Calais)
- Baie de l’Authie (Baie, Pas-de-Calais et Somme)
- Estuaire de la Somme (Estuaire, Somme)
L’approche
- Prélever : Fin novembre et début décembre 2025, trois réplicats d’eau filtrés simultanément sur 15 stations, réparties sur huit ports et estuaires.
- Analyser : Deux marqueurs génétiques, Teleo pour les poissons osseux et Elas02 pour les élasmobranches : 23 et 13 taxons identifiés.
- Comparer : Dans l’estuaire de la Somme, l’ADNe retrouve les quatre espèces structurantes du suivi au chalut à perche (hareng, merlan, gobie tacheté, bar) et détecte des espèces non capturées.
Contraintes du milieu soulignées par la publication
- Courants : Les courants déplacent l’eau, et avec elle les traces d’ADN qu’elle contient.
- Turbidité : Abondantes dans les estuaires, les particules en suspension troublent l’eau.
- Marées : La marée fait varier le niveau et le mélange des eaux au fil de la journée.
Ce que l’étude apporte
Des richesses médianes proches entre ports et estuaires, sauf pour la Slack, mais une répartition des espèces différente ; des assemblages cohérents avec les guildes écologiques attendues. L’étude nourrit la réflexion sur l’ADNe pour la surveillance des milieux aquatiques.
Les résultats publiés
Ce que montrent les documents officiels.
L’Agence de l’eau Artois-Picardie a publié l’article, le rapport final et la présentation de restitution de l’étude. Les informations ci-dessous en reprennent le contenu, avec leurs figures.
- sites, des ports de Dunkerque à l’estuaire de la Somme
- 8
- stations (secteurs) échantillonnées
- 15
- filtres : trois réplicats par station
- 45
- marqueurs génétiques, Teleo et Elas02
- 2
Les objectifs
- Améliorer les connaissances de la biodiversité dans les ports et les estuaires.
- Comparer l’ADNe avec les méthodes d’acquisition classiques utilisées dans les estuaires dans le cadre de la DCE.
Ce que l’Agence retient
- Le nombre médian d’espèces est relativement similaire entre les estuaires et les ports, à part pour l’estuaire de la Slack.
- Les espèces ne se répartissent pas de la même façon entre les ports et les estuaires.
- Les espèces marines juvéniles sont majoritaires dans la partie aval des sites ; les estuaires et le port de Boulogne-sur-Mer montrent en amont une proportion importante d’espèces amphihalines.
- Un pourcentage important d’espèces d’eau douce est trouvé sur l’ensemble des sites, reflétant certainement l’influence des cours d’eau transportant de l’ADN depuis l’amont.
Figure (nouvel onglet)Le noyau d’espèces le plus récurrent
Dans les estuaires
- Clupea harengus (hareng)
- Dicentrarchus labrax (bar)
- Pomatoschistus microps (gobie tacheté)
- Merlangius merlangus (merlan)
- Pollachius virens (lieu noir)
Dans les ports
- Clupea harengus (hareng)
- Merlangius merlangus (merlan)
- Dicentrarchus labrax (bar)
Fréquentes dans plusieurs secteurs portuaires :
- Sardina pilchardus (sardine)
- Pollachius virens (lieu noir)
- Pomatoschistus microps (gobie tacheté)
Des détections à interpréter avec prudence
Six espèces détectées avec Teleo n’ont jamais été signalées dans la zone (Asterias amurensis, Macrobrachium nipponense, Oncorhynchus keta, Oncorhynchus tshawytscha, Sardinops sagax, Squalius lepidus), de même qu’une espèce détectée avec Elas02 (Atherina hepsetus). Le rapport les attribue à des erreurs d’assignation, des séquences proches, des contaminations ou un transport d’ADN ; les taxons douteux sont exclus de l’analyse des guildes.
Figure (nouvel onglet)Port de Dunkerque Est
Opposition entre un bassin de Mardyck marqué par la détection atypique d’espèces continentales (brème, gardon, perche, sandre) et un bassin d’Évolution dominé par les espèces marines et estuariennes côtières. Ces détections d’eau douce doivent être interprétées avec prudence : apports hydrauliques continentaux, transferts indirects d’ADN ou contaminations.
Secteur · Bassin d’Évolution
10 espèces
- Prélèvement
- 25 novembre 2025
- Mode
- Navire support
- Salinité (PSU)
- 36
- Turbidité (NTU)
- —
- Volume moyen filtré (L)
- 55
Les totaux d’espèces par site varient selon le marqueur et les filtres appliqués entre la présentation et le rapport. La richesse indiquée ici est celle de chaque secteur dans le rapport final ; les tableaux de données validés sont nécessaires pour un tableau de bord interactif.
Figure (nouvel onglet)
Figure (nouvel onglet)Le protocole
Sur le terrain
Du 25 novembre au 3 décembre 2025, trois réplicats filtrés simultanément par station avec trois pompes en parallèle, sur capsules stériles Waterra de 0,45 µm, puis conservés dans un tampon Longmire. Les volumes filtrés ont varié de 2 à 90 L, avec une moyenne d’environ 29 L, en raison des fortes turbidités.
Au laboratoire
Extraction de l’ADN (kit ZymoBIOMICS), amplification de deux marqueurs : Teleo (gène 12S des téléostéens) et Elas02 (élasmobranches), cinq réplicats de PCR par échantillon, séquençage Ion Torrent S5 Prime. Les contrôles négatifs séquencés ne présentent aucune séquence.
En bioinformatique
Démultiplexage par des scripts développés par LDgenX, pipeline SAMBA v4.0 (QIIME2, DADA2), assignation taxonomique sur la base MIDORI2. Sur 356 ASV détectés, 96 ont été assignés à une espèce de l’ichtyofaune : 23 taxons avec Teleo, 13 avec Elas02.
Les guildes écologiques
- MJ Marines juvéniles
- Espèces marines utilisant l’estuaire comme zone de nourricerie.
- ER Résidentes estuariennes
- Espèces accomplissant tout ou partie majeure de leur cycle de vie dans l’estuaire.
- MA Marines adventices
- Espèces marines fréquentant occasionnellement l’estuaire ou les zones portuaires.
- DIA Migratrices amphihalines
- Espèces reliant les milieux marins et continentaux, comme le saumon ou l’anguille.
- FW Eau douce
- Espèces témoignant de l’influence continentale et des apports fluviaux.
Figure (nouvel onglet)ADNe et chalut à perche
- La comparaison avec le chalut à perche n’a pu être conduite que sur l’estuaire de la Somme, système de référence suivi au titre de la DCE.
- Quatre espèces sont détectées par les deux méthodes : hareng, merlan, gobie tacheté et bar. Le chalut met en évidence 21 taxons exclusifs, surtout benthiques et démersaux ; l’ADNe 14, dont des espèces mobiles ou d’eau douce.
- Les efforts d’échantillonnage diffèrent fortement : plusieurs années de traits de chalut d’un côté, une campagne unique de prélèvements d’eau de l’autre.
- La hiérarchie des guildes est conservée entre les deux approches ; l’ADNe révèle une proportion plus élevée d’espèces d’eau douce.
Figure (nouvel onglet)
Figure (nouvel onglet)L’effet de la turbidité
La turbidité influence la détection : la richesse détectée tend à diminuer quand la turbidité augmente (R² = 0,32 ; p = 0,026).
Les pistes ouvertes
- Des campagnes sur les quatre saisons dans l’estuaire de la Somme, pour mesurer la représentativité temporelle de la méthode.
- Un suivi continu de la turbidité pendant la filtration.
- Des fragments plus longs et le séquençage longue lecture (Nanopore) pour améliorer la résolution taxonomique.
Figure (nouvel onglet)
Figure (nouvel onglet)Les documents sources
- Article de l’Agence de l’eau Artois-Picardie (nouvel onglet)
- Rapport final : restitution des résultats (nouvel onglet)
- Présentation de la réunion de restitution (nouvel onglet)
Figures : rapport final et présentation de restitution du groupement Qualyse, LDgenX et Prelevmar pour l’Agence de l’eau Artois-Picardie (2026).
L’expertise associée
ADN environnemental
Les traces du vivant deviennent une source de connaissance.
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