Génomique des populations
D’où viennent les vanneaux huppés qui hivernent en France ?
Une étude génomique de 438 vanneaux huppés pour la Fédération nationale des chasseurs, dans le cadre du projet VanConnect.
En bref
- Commanditaire
- Fédération nationale des chasseurs
- Projet
- VanConnect, Écocontribution n° 1274, action 1
- Espèce
- Vanneau huppé, Vanellus vanellus
- Approche
- Génotypage par séquençage (3D-GBS), 40 746 SNP
- Période
- 2024-2025
Le contexte
Espèce migratrice chassable inscrite à l’annexe II de la directive Oiseaux, le vanneau huppé est en déclin, notamment du fait d’une faible productivité. Les oiseaux qui hivernent en France viendraient du Royaume-Uni, de Scandinavie ou d’Europe de l’Est, mais leur provenance et la structure de leurs populations restaient mal connues.
La question
D’où viennent les vanneaux huppés qui hivernent en France, et leurs populations sont-elles génétiquement structurées ?
L’approche
Analyse de 479 échantillons de muscle prélevés de 2018 à 2023 dans neuf régions françaises, génotypés par 3D-GBS. Après contrôle qualité, 438 oiseaux et 40 746 SNP ont été analysés : diversité génétique, ADMIXTURE, analyse en composantes principales, identité par état et par descendance.
Les enseignements
Les analyses ne révèlent pas de structuration génétique marquée parmi les oiseaux échantillonnés en France et montrent une diversité génétique élevée. Ces résultats sont compatibles avec une population faiblement structurée ; ils ne permettent pas d’attribuer à chaque oiseau une région de nidification.
Les oiseaux analysés, par région
Nombre d’échantillons par région (tableau 1 du rapport). Trois oiseaux n’ont pas de région renseignée. La répartition reflète la densité des oiseaux en hiver et l’effort d’échantillonnage.
Des échantillons aux données
- 479échantillons de muscle, prélevés de 2018 à 2023
- 471oiseaux séquencés avec assez de lectures
- 930 912SNP détectés sur le génome de référence du vanneau
- 438oiseaux retenus après filtrage des données manquantes
- 40 746SNP indépendants pour les analyses de structure
Ce que montrent les analyses
- ADMIXTURE : le nombre de groupes génétiques le plus probable est K = 1.
- Indice Fis proche de 0 dans toutes les régions : pas de déficit marqué d’hétérozygotes dans les groupes analysés.
- Analyse en composantes principales : aucun regroupement selon la région, le sexe, l’âge, l’année ou le mois de prélèvement ; trois groupes se distinguent très subtilement sur le premier axe.
- Identité par état : la plupart des paires d’oiseaux entre 0,75 et 0,85, ce qui est attendu dans une population naturelle faiblement structurée.
- Identité par descendance : seules cinq paires d’oiseaux semblent apparentées.
Pour aller plus loin
Ajouter des oiseaux prélevés sur leurs sites de nidification, au Royaume-Uni, en Scandinavie et en Europe de l’Est, permettrait d’identifier l’origine des vanneaux qui hivernent en France.
Qui a fait quoi
- Rapport : Maeva Leitwein et Emilie Delpuech (LDgenX), Carole Bodin et Pascal Lapébie (Fédération nationale des chasseurs).
- Échantillons : carcasses collectées par la Fédération départementale des chasseurs des Ardennes, grâce à la participation volontaire de chasseurs.
- Extraction de l’ADN, préparation des banques et séquençage : plateforme IBIS, Université Laval (Québec), sur séquenceur AVITI.
L’expertise associée
Génomique des populations
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