ADN environnemental
Lire l’ADN des poissons dans les eaux turbides.
Un projet pilote en Gironde pour comparer des méthodes de filtration de l’eau dans des estuaires turbides.
En bref
- Commanditaire
- Thibault Dindart
- Projet
- ADNe Estuaire, projet pilote
- Sites
- Bègles, Cadillac et Le Verdon (Gironde)
- Turbidité
- De 14 à plus de 800 NTU
- Échantillons
- 43, analysés en double
- Approche
- Métabarcoding ADNe, marqueur 12S des poissons
- Période
- Campagne d’octobre
Le contexte
Dans les estuaires, l’eau chargée en particules complique l’ADN environnemental : les filtres colmatent vite et les particules peuvent gêner les analyses. Ce projet pilote visait à optimiser les protocoles d’ADNe en milieu turbide.
La question
Quels dispositifs et quelles tailles de filtre conviennent selon la turbidité, et quels poissons détecte-t-on ?
L’approche
Lors d’une campagne d’octobre, l’eau de trois sites aux turbidités contrastées a été filtrée avec deux systèmes : une pompe triple avec capsules Waterra (pores de 0,45, 1,2 et 5 µm) et une Stick Pump à fort débit (filtre de 20 µm), de 2 à 30 litres selon le colmatage. Les 43 échantillons ont été analysés en métabarcoding sur le marqueur 12S des poissons (Teleo, lectures courtes Illumina), en double ; 12 d’entre eux l’ont aussi été en fragment long (Oxford Nanopore).
Les enseignements
La richesse détectée est la plus faible à Bègles (740 à 800 NTU) et la plus élevée au Verdon (14 NTU). La réanalyse des lectures courtes identifie 26 taxons sur l’ensemble des sites et campagnes. Les filtres de 5 µm concentrent les signaux les plus forts, les filtres plus fins un signal plus diffus mais plus diversifié. Le projet recommande de répéter les prélèvements et de comparer les outils bioinformatiques ; ces observations ne permettent pas d’isoler à elles seules l’effet de la turbidité.
Espèces détectées par site
Richesse spécifique par site, toutes campagnes confondues, en lecture courte (table 5 du rapport), du site le plus turbide au plus clair : Bègles, Cadillac, Le Verdon.
Du terrain aux espèces
- 3sites, de 14 à plus de 800 NTU
- 43échantillons filtrés, extraits et analysés en double
- 36 730 010séquences brutes en lecture courte
- 12échantillons séquencés aussi en fragment long (12S complet)
- 26taxons identifiés en lecture courte, sur l’ensemble des sites
Ce que montrent les analyses
- Bègles, le site le plus turbide (740 à 800 NTU), présente la richesse la plus faible : six taxons en lecture courte, toutes campagnes confondues (table 5 du rapport).
- Le Verdon, en eau claire (14 NTU) : la richesse la plus élevée, avec des espèces marines côtières, de la zone intertidale et d’eau douce.
- Entre deux passages sur un même site, une baisse de la turbidité s’accompagne d’un signal du bar plus fort. Cette association doit être interprétée avec les autres facteurs biologiques et techniques de détection.
- Les filtres de 5 µm concentrent les signaux les plus forts ; ceux de 0,45 et 1,2 µm captent un signal plus diffus mais plus diversifié.
- Lectures courtes et longues se recoupent : 12 espèces communes, soit 86 % des taxons du fragment long, qui en révèle deux autres, le rouquié et la grémille.
- Réanalysées avec un second outil bioinformatique, les lectures courtes livrent 26 taxons, contre 2 espèces en première analyse : croiser les outils d’analyse fait partie des recommandations.
Les figures du rapport
Figure (nouvel onglet)Pour aller plus loin
Répéter les prélèvements dans le temps sur chaque site et combiner des marqueurs de longueurs différentes : ce sont les deux pistes retenues pour consolider le protocole, avant toute diffusion publique des occurrences.
Qui a fait quoi
- Commanditaire cité dans le rapport : Thibault Dindart.
- Rapport : Maeva Leitwein et Emilie Delpuech (LDgenX).
- Extraction de l’ADN, séquençage en fragment long (MinION) et analyses bioinformatiques : LDgenX.
- Amplifications et séquençage en lecture courte : plateforme PGTB (Bordeaux), sur Illumina MiSeq i100.
L’expertise associée
ADN environnemental
Les traces du vivant deviennent une source de connaissance.
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