Genetics Selection Evolution · 2021

Identification of genomic regions affecting production traits in pigs divergently selected for feed efficiency

Delpuech E, Aliakbari A, Labrune Y, Fève K, Billon Y, Gilbert H, Riquet J

Cette étude recherche des régions du génome associées à l’efficacité alimentaire et à d’autres caractères de production chez deux lignées porcines sélectionnées de manière divergente. Les résultats varient selon la lignée et la structure des analyses, ce qui souligne l’importance du plan d’étude dans l’interprétation des associations.

La question: Quelles régions génomiques sont associées aux caractères de production, et comment les résultats varient-ils selon les lignées analysées ?
L’approche: Études d’association pangénomiques sur deux lignées, séparément et ensemble, à partir de génotypes et de caractères de production.
Ce que l’article apporte: Des QTL connus et nouveaux sont identifiés, avec un recouvrement limité entre certains plans d’analyse.
Les limites: Les associations dépendent du jeu de données et du plan d’analyse ; des analyses complémentaires sont nécessaires pour distinguer traces de sélection et dérive génétique.

Figures de l’article

Fig. 1, Identification of genomic regions affecting production traits in pigs divergently selected for feed efficiency — Fig. 1. The first two axes of the multidimensional scaling (MDS) analysis, based on the 570,447 genotypes. Points represent individuals (corresponding to all sires and dams of the population, N = 1632) and colors are generationsLégende originale (en anglais). Delpuech E et al. (2021), Genetics Selection Evolution. CC BY 4.0

Fig. 2, Identification of genomic regions affecting production traits in pigs divergently selected for feed efficiency — Fig. 2. Location of all SNP-QTL identified on the 18 autosomes from the Global-GWAS, LRFI-GWAS and HRFI-GWAS. The SNP-QTL corresponding to Global-GWAS are represented by horizontal bars, LRFI-GWAS by arrows to the right of the chromosomes and HRFI-GWAS by arrows to the left of the chromosomes. Each color represents one of the 24 traits; LRFI: low RFI line; HRFI: high RFI line; DFI: daily feed intake; ADG: average daily gain; FCR: feed conversion ratio; RFI: residual feed intake; carcBFT: backfat thickness measured on carcass; a_GM: a measured on the gluteus medius muscle; a_GS: a measured on the gluteus superficialis muscle; b_GM: b measured on the gluteus medius muscle; b_GS: b measured on the gluteus superficialis muscle; L_GM: L measured on the gluteus medius muscle; L_GS: L measured on the gluteus superficialis muscle; pH24h_AD: pH 24 h after slaughter measured on the adductor femoris muscle; pH24h_GS: pH 24 h after slaughter measured on the gluteus superficialis muscle; pH24h_LM: pH 24 h after slaughter measured on the longissimus dorsi muscle; pH24h_SM: pH 24 h after slaughter measured on the semimembranosus muscle; WHC: water holding capacity of the gluteus superficialis muscle; MQI: meat quality index; LMCcalc: lean meat content of the carcass; DP: carcass dressing percentage; Belly_W: belly weight; BF_W: backfat weight; Ham_W: ham weight; Loin_W: loin weight; Shoulder_W: shoulder weightLégende originale (en anglais). Delpuech E et al. (2021), Genetics Selection Evolution. CC BY 4.0

Fig. 3, Identification of genomic regions affecting production traits in pigs divergently selected for feed efficiency — Fig. 3. Comparison of GWAS results obtained from Global-GWAS (Global), HRFI-GWAS (HRFI) and LRFI-GWAS (LRFI). a Comparison of the number of identical regions and b comparison of the number of identical QTL (trait x region)Légende originale (en anglais). Delpuech E et al. (2021), Genetics Selection Evolution. CC BY 4.0

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