G3: Genes|Genomes|Genetics · 2017

A Dense Brown Trout (Salmo trutta) Linkage Map Reveals Recent Chromosomal Rearrangements in the Salmo Genus and the Impact of Selection on Linked Neutral Diversity

Leitwein M, Guinand B, Pouzadoux J, Desmarais E, Berrebi P, Gagnaire PA

Une carte de liaison génétique à haute densité est construite pour la truite commune et comparée à celle du saumon atlantique. Elle permet d’étudier les réarrangements chromosomiques et les relations entre recombinaison et diversité, et constitue une ressource pour les recherches en conservation et en aquaculture.

La question: Comment organiser les marqueurs du génome de la truite et comparer l’évolution de ses chromosomes à ceux du saumon ?
L’approche: Construction d’une carte à partir de marqueurs ddRAD de deux croisements et comparaison des régions chromosomiques conservées.
Ce que l’article apporte: La carte permet l’étude de l’organisation chromosomique et des liens entre recombinaison et diversité génétique.
Les limites: Une carte de liaison décrit les relations génétiques entre marqueurs ; ce n’est pas une représentation physique des chromosomes.

Figures de l’article

Figure 1, A Dense Brown Trout (Salmo trutta) Linkage Map Reveals Recent Chromosomal Rearrangements in the Salmo Genus and the Impact of Selection on Linked Neutral Diversity — Figure 1. The brown trout(Salmo trutta) high-density linkage map. Horizontal black lines within each of the 40 LGs represent mapped RAD markers(n = 3977). The most probable chromosome type determined with the RFm method(Limborg et al. 2015a) is indicated above each LG. Green boxes indicate the approximate position of the centromere for metacentric LGs. Red dots represent the position of 89 additional markers that were transferred from the previous generation linkage map (see Table S2 for details). A, acrocentric; M, metacentric; U, undetermined.Légende originale (en anglais). Leitwein M et al. (2017), G3: Genes|Genomes|Genetics. CC BY 4.0

Figure 3, A Dense Brown Trout (Salmo trutta) Linkage Map Reveals Recent Chromosomal Rearrangements in the Salmo Genus and the Impact of Selection on Linked Neutral Diversity — Figure 3. Dual synteny plot showing conserved syntenic blocks and chromosome rearrangements between Salmo salar(Ssa) and Salmo trutta (BT) LGs. Chromosomes arms (p, q a and q b) are specified for S. salar LGs, and the seven pairs of chromosome arms that still exhibit residual tetrasomy in salmon appear in red(Lien et al. 2016).Légende originale (en anglais). Leitwein M et al. (2017), G3: Genes|Genomes|Genetics. CC BY 4.0

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