BMC Genomics · 2019

Development of a large SNPs resource and a low-density SNP array for brown trout (Salmo trutta) population genetics

Saint-Pé K, Leitwein M, Tissot L, Poulet N, Guinand B, Berrebi P, Marselli G, Lascaux JM, Gagnaire PA, Blanchet S

Saint-Pé K. et Leitwein M. ont contribué à parts égales.

Les auteurs développent une ressource de marqueurs SNP et un panel de faible densité pour la génétique des populations de truite commune. Le dispositif est évalué dans plusieurs rivières et comparé à des marqueurs classiques pour l’étude de la différenciation et du mélange avec des souches domestiques.

La question: Comment construire des outils de génotypage reproductibles et répartis sur le génome pour la truite commune ?
L’approche: Identification de SNP à partir de séquences RAD, construction d’un panel de 192 marqueurs, puis évaluation sur plusieurs rivières.
Ce que l’article apporte: Le travail fournit une ressource génomique et un outil de génotypage pour des études de populations de truite.
Les limites: Les performances décrites concernent ce panel et les populations testées ; elles ne s’étendent pas d’emblée à d’autres populations ou espèces.

Figures de l’article

Fig. 1, Development of a large SNPs resource and a low-density SNP array for brown trout (Salmo trutta) population genetics — Fig. 1. Positions on the brown trout linkage map of the 12204 RADs (a; containing one or two SNPs with MAF ≥ 5% based on all individuals (AT + ME) and positions between the first or last 30 bp of the RAD with no undetermined nucleotides), and of the 245 SNPs (b; informative for at least the AT and ME lineages, positions between the first or last 50 bp of RADs (primer design zones), and spaced by at least 3.5 cM)Légende originale (en anglais). Saint-Pé K et al. (2019), BMC Genomics. CC BY 4.0

Fig. 4, Development of a large SNPs resource and a low-density SNP array for brown trout (Salmo trutta) population genetics — Fig. 4. Plot of informativeness against number of SNPs. 107 SNPs would be equivalent to the 13 microsatellites in terms of informativenessLégende originale (en anglais). Saint-Pé K et al. (2019), BMC Genomics. CC BY 4.0

Fig. 5, Development of a large SNPs resource and a low-density SNP array for brown trout (Salmo trutta) population genetics — Fig. 5. Map of the five river basins and and sampling sites (black dots) used to test for genotyping success. The Seuge and Ône Rivers are part of the Atlantic catchment, therefore naturally harboring AT trout, whereas the Aude, Roya and Doron de Bozel Rivers are part of the Mediterranean catchment, naturally populated with ME lineage. Maps were generated by authors on ArcGis and assembled using InkscapeLégende originale (en anglais). Saint-Pé K et al. (2019), BMC Genomics. CC BY 4.0

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