La diversité génétique des truites de l’Orb
L’utilisation de 196K marqueurs SNP a permis d’estimer la diversité génétique et l’indice de consanguinité des populations de truites communes (Salmo trutta), sauvages (La Mare, Gravezon et l’Orb) et domestiques (Atlantique et Méditerranéenne) du bassin de l’Orb.
Nous avons pu mettre en évidence que la population sauvage de Gravezon avait une plus faible diversité génétique et un fort taux de consanguinité, comparée aux populations sauvages de la Mare et de l’Orb (Tableau 1 ; Leitwein et al. 2016 (nouvel onglet)).
De plus, nous avons démontré que la souche domestique Méditerranéenne était très faiblement diversifiée et fortement consanguine contrairement à la souche domestique Atlantique, qui présente une plus forte diversité génétique.
Ces résultats démontrent que la souche domestique Méditerranéenne nécessite une gestion particulière afin d’augmenter la diversité génétique.
Figure (nouvel onglet)Paysage génomique d’ancestralité domestique chez l’omble de fontaine
L’omble de fontaine (Salvelinus fontinalis) fait l’objet de repeuplements destinés à la pêche sportive au Québec. Ces introductions ont entraîné des mélanges entre populations sauvages et souche domestique, étudiés par Leitwein et al. (2019) (nouvel onglet).
L’article publié analyse environ 33 000 SNP cartographiés chez 611 individus de 24 populations repeuplées. Les segments d’ascendance permettent de distinguer des hybrides de générations précoces ou plus tardives et d’estimer l’introgression domestique le long du génome. Les régions favorisant ou défavorisant cette ascendance varient selon l’échelle étudiée et le contexte de recombinaison (Figure 1 ; Leitwein et al. 2019 (nouvel onglet)).
Figure (nouvel onglet)Effets de l’introduction d’allèles domestiques
Chez l’omble de fontaine, certains profils sont compatibles avec un effet favorable lié au masquage d’allèles récessifs potentiellement délétères dans les populations sauvages. Les résultats de 2019 et 2021 montrent toutefois des effets variables selon les populations et les régions génomiques ; ils ne permettent pas de considérer tout apport d’allèles domestiques comme bénéfique.
Cependant, au-delà de ces potentiels effets bénéfiques, des effets de purge des allèles domestiques ont également pu être observés. Ces mécanismes reflètent des effets négatifs de l’introduction d’allèles domestiques dans certaines régions du génome (Leitwein et al. 2019 (nouvel onglet) et 2021 (nouvel onglet)).
Par exemple, sur le groupe de liaison 26 (Figure 2), nous pouvons observer un excès d’ancestralité domestique associé à des allèles récessifs potentiellement délétères.
Figure (nouvel onglet)
