Exemple d’analyses génomiques de traçabilité : les truites de l’Orb
Le bassin méditerranéen de l’Orb (Hérault), cours d’eau du sud de la France, d’une superficie de 1 580 km², est soumis depuis la fin des années 1960 à des repeuplements de truites domestiques (Salmo trutta) d’origine atlantique et méditerranéenne. L’objectif est ainsi d’augmenter les populations locales méditerranéennes pour la pêche récréative.
Dans l’étude de Leitwein et al. (2018) (nouvel onglet), 75 684 SNP cartographiés issus du ddRAD-seq ont servi à décrire les contributions des souches domestiques atlantique et méditerranéenne dans les populations sauvages du bassin de l’Orb.
Ainsi nous avons pu identifier des individus d’origine domestique Atlantique (c’est-à-dire échappés de pisciculture) dans la rivière de Gravezon, des individus d’origine domestique Méditerranéenne dans la rivière de la Mare, ainsi que des individus hybrides ayant des allèles domestiques Atlantique et Méditerranéen dans les trois rivières sauvages (Figure 1).
Figure (nouvel onglet)L’âge des introductions
L’étude des haplotypes (segments) domestiques atlantique et méditerranéen nous a également permis d’estimer l’âge des introductions pour chacune des trois rivières.
Ainsi nous avons pu mettre en évidence que les individus domestiques Atlantique avaient été introduits il y a en moyenne 24,01 générations dans la rivière du Gravezon, 22,31 générations dans la rivière de la Mare et 30,9 générations dans la rivière de l’Orb (Figure 2).
De même, l’âge d’introduction de truites domestiques Méditerranéennes a été estimé à 11,51 générations dans la rivière du Gravezon, 25,07 générations dans la Mare et 23,23 dans l’Orb (Figure 2).
Figure (nouvel onglet)Développement d’outils génomiques : une ressource SNP et un panel ciblé
Saint-Pé et al. (2019) (nouvel onglet) ont identifié une ressource de 12 204 SNP répartis sur les 40 groupes de liaison de la truite commune (Salmo trutta). À partir de cette ressource, ils ont développé un panel de faible densité de 192 SNP (Figure 3).
Le panel a été évalué sur 1 862 individus dans cinq rivières. Il fournit un outil de génotypage reproductible et économique pour les études de génétique des populations.
Dans les populations testées, il distingue les lignées atlantique et méditerranéenne et permet d’étudier le mélange avec les souches domestiques.
Figure (nouvel onglet)
